貿易を行なうときには、国の法規に従って正しい手順で手続きをやらないといけないが、こういった手続きを完結するまでの一連の業務を賄うのが「通関士」の仕事です。
貨物を輸入・輸出するときには税関の許可をもらうために、あらかじめ決められた法規にのっとって、細かく分類された輸出入の申請書が必要になってきます。
この書類を作成したり、チェックしたりして税関に提出するのが、メインの仕事になってきます。
「輸出申告書」「輸入申告書」「意義申立書」「審査請求書」などの通関書類を税関官署または財務大臣に対して提出します。通関手続きの代理業務では「輸入申告・輸出申告」「関税・消費税の申告」「貨物チェック」「積み込みの申告」・・・など色んな代理業務があります。
また、通関手続きの内容に、税関長から何らかの処分が下された場合には異議申し立て、審査請求を行ったりする「不服申し立ての代理・代行業務」。貿易のコンサルタント（相談・助言）も大事な仕事の一つです。
なお通関士は貿易する上で、税関と何かしらのトラブルがあった場合は、輸出入元の会社に代わり、解決する権限が認められています。